新型コロナウィルスとアントロポゾフィー(1)

目次

1 はじめに

新型コロナウィルスが世界的に猛威を振るっている中で2020年3月11日にWHOは1 パンデミック を宣言した。
このシリーズでは国内の新型コロナウィルスの発生状況をアントロポゾフィーの観点から考察してみたいと思う。

2 新型コロナウィルス

はじめにウィルスについては専門外であるので (SARS-CoV-2) についての最新情報を元に現段階で解ってきたことなどを引用しながら記事としてメモしておく。

  • 世界的に日々感染拡大され現在はイタリアをはじめとする欧州地域でパンデミックな状況になっている。
  • 日本国内においては北海道、愛知、大阪、東京、兵庫、神奈川、千葉、埼玉で感染者が増加してきている。

3 感染状況

3.1 世界の感染状況

2019年3月17日現在で世界の感染者数はおよそ18万人、死者数は約8000人。感染者が多い国は、中国、イタリア、イラン、スペイン、韓国、フランス、ドイツ、スイスと続く。日本国内の状況は厚生労働省の発表によると2020年3月17日現在において、感染者数は814人、死者数は28人となっており日々増加している。

新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) の感染による 急性呼吸器疾患 (COVID-19) の流行(アウトブレイク)を指す。
2019年12月に中国の湖北省武漢市で「原因不明のウイルス性肺炎」として最初の症例が確認されて以降、2020年3月7日時点までに世界110カ国以上に感染が広がり、4,000人を超える死者、110,000人を超える感染者が出ている。
流行は現在も広がり続けており、世界保健機関 (WHO) は、この疾患が世界規模で流行する危険性について、最高レベルの「非常に高い」と評価している。
wikipedia

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以下のグラフLondon School of Hygiene & Tropical Medicine (LSHTM)により発表されているものである。LSHTMは国際保健(Global Health)と熱帯医学(Tropical Medicine)の分野で世界をリードする研究主体の大学院で2008年のRAE調査に基づいたタイムズ紙の評価では優れた高等研究機関のトップ3に位置づけられている。

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上のグラフを見るとある日を境に爆発的に感染が広まる国が多い中日本だけが他の国に比べると感染者の増加傾向が異なっている。これはまだ爆発的な感染が広まっていないためで日々僅かずつではあるが感染者が増加している。このようなことから世界的にも未だ終息までにはかなりの時間がかかるのではないかと考えられる。

3.2 日本国内の感染状況

日本国内の感染状況は2020年3月18日時点においては以下のような状況である。

3.2.1 累計

日々感染者数が20人〜50人増加しており、日毎に感染者の割合が増えてきている。
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3.2.2 地域

  • ほぼ国内全域において感染者が分布している。

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  • 北海道、愛知、大阪、東京、兵庫、神奈川、千葉、埼玉に感染者が多い。

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3.2.3 年齢・性別

  • 男性感染者は50代、60代が多い
  • 女性感染者は50代が多い
  • 若い人ほど感染者が少ない

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画像引用:東洋経済 ONLINE

3.3 発生場所

中国 湖北省武漢市?

3.4 発生時期

2019年12月頃?

4 参考情報(「Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using the whole genomic data」)

中国の研究者らが新型コロナウイルスのゲノム配列に関して暫定的な研究結果を発表した。
それにより日本で感染しているウイルスのルーツや種類も見えてきた。飛行機搭乗とも関係し日本の対策の是非の参考になる。

4.1 概要

Title
Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using the whole genomic data

Background.
The outbreak of COVID-19 started in mid-December 2019 in Wuhan, Central China.
Up to February 18, 2020, SARS-CoV-2 has infected more than 70,000 people in China, and another 25 countries across five continents.
In this study, we used 93 complete genomes of SARS-CoV-2 from the GISAID EpiFluTM database to decode the evolution and human-to-human transmissions of SARS-CoV-2 in the recent two months.

Methods.
Alignment of coding-regions was conducted haplotype analyses using DnaSP.
Substitution sites were analyzed in codon. Evolutionary analysis of haplotypes used NETWORK.
Population size changes were estimated using both DnaSP and Arlequin.
Expansion date of population size was calculated based on the expansion parameter tau (τ) using the formula t=τ/2u.

Findings.
Eight coding-regions have 120 substitution sites, including 79 non-synonymous and 40 synonymous substitutions.
Forty-two non-synonymous substitutions changed the biochemical property of amino acids.
No evident combination was found.
Fifty-eight haplotypes were classified as five groups, and 31 haplotypes were found in samples from both China and other countries, respectively.
The rooted network suggested H13 and H35 to be ancestral haplotypes, and H1 (and its descendent haplotypes including all samples from the Hua Nan market) was derived H3 haplotype.
Population size of SARS-CoV-2 were estimated to have a recent expansion on 6 January 2020, and an early expansion on 8 December 2019. Interpretation.
Genomic variations of SARS-CoV-2 are still low in comparisons with published genomes of SARS-CoV and MERS-CoV.
Phyloepidemiologic analyses indicated the SARS-CoV-2 source at the Hua Nan market should be imported from other places.
The crowded market boosted SARS-CoV-2 rapid circulations in the market and spread it to the whole city in early December 2019.
Furthermore, phyloepidemiologic approaches have recovered specific direction of human-to-human transmissions, and the import sources of international infectious cases.

Google 翻訳
タイトル
全ゲノムデータを用いた新規肺炎コロナウイルス(SARS-CoV-2)の進化と伝達の解読

バックグラウンド
COVID-19の発生は、中国中部の武漢で2019年12月中旬に始まりました。
2020年2月18日まで、SARS-CoV-2は中国の70,000人以上、5大陸のさらに25か国に感染しています。
この研究では、GISAID EpiFluTMデータベースのSARS-CoV-2の93個の完全なゲノムを使用して、最近2か月間のSARS-CoV-2の進化とヒトからヒトへの伝達を解読しました。

メソッド
コーディング領域のアラインメントは、DnaSPを使用してハプロタイプ分析を実施しました。
置換部位はコドンで分析されました。ハプロタイプの進化的分析では、NETWORKを使用しました。人口サイズの変化は、DnaSPとArlequinの両方を使用して推定されました。
人口サイズの拡大日は、式t =τ/ 2uを使用して、拡大パラメーターtau(τ)に基づいて計算されました。

調査結果
8つのコーディング領域には、79の非同義置換と40の同義置換を含む120の置換サイトがあります。
42の非同義置換により、アミノ酸の生化学的特性が変化しました。明らかな組み合わせは見つかりませんでした。
58のハプロタイプは5つのグループに分類され、31のハプロタイプはそれぞれ中国と他の国のサンプルから発見されました。
根ざしたネットワークは、H13とH35が先祖のハプロタイプであり、H1(およびHua Nan市場のすべてのサンプルを含むその子孫ハプロタイプ)がH3ハプロタイプであると示唆しました。
SARS-CoV-2の人口規模は、2020年1月6日に最近拡大し、2019年12月8日に早期に拡大すると推定されました。

解釈
SARS-CoV-2のゲノム変異は、公開されているSARS-CoVおよびMERS-CoVのゲノムと比較してまだ低いです。
疫学分析により、フアナン市場のSARS-CoV-2ソースは他の場所から輸入する必要があることが示されました。
混雑した市場は、SARS-CoV-2の急速な流通を後押しし、2019年12月上旬に市全体に広まりました。

5 参考情報(「新型コロナ日本感染ルーツとウイルスの種類:中国のゲノム分析から」)

5.1 ウイルス経路マップーー日本人感染者のルーツとウイルスの種類が見える

2月21日、中国科学院シーサンパンナ熱帯植物園(雲南省)に在職する研究者である郁文彬博士(Wen-Bin Yu Ph. D)等が「新型コロナウイルス肺炎の進化(変異)と感染を全てのゲノム学的なデータに基づいて解読する
(Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using the whole genomic data)」という論文(以下、論文) を中国科学院の学術論文プレプリント・サーバーChinaXivに投稿した。
論文受理コードは「chinaXiv:202002.00033v2」だ。

タイトルにある「SARS-CoV-2」は国際ウイルス分類委員会が、今般の新型コロナウイルスに対して付けた名前で、WHO(世界保健機関)はこのウイルスによって発症した肺炎(新型コロナウイルス肺炎)を「COVID-19」と命名した。
論文は「投稿した(received)」という段階で、まだレフリーによる学術審査を通過した(accepted)という段階まで行っておらず、最終的にレフリーによってどのように修正が要求されるか、あるいは却下されるかは未定だ。
この状態(preprint)で公開されているに過ぎないので、それを確実な根拠として分析するわけにはいかないが、しかし日本のメディアで、むしろ決定的な形で(少し歪んで)報道されているので、真正面からデータに当たってみたい。
論文は93件のウイルスサンプルの遺伝子情報を調べて比較し、以下のような変異と感染の経路マップを作成している。

 
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5.2 経路マップ

先ず「H」という文字を用いているのは、Haplotype (ハプロタイプ)という、ウイルスの識別番号のようなものの頭文字を指しているからである。
ウイルスの種類を左上の国・地域と中国のいくつかの代表的な地区名に沿って調査し、その起源と伝染ルートを描いている。

次にウイルスの大きな枠での類似性を、Group AからEに大別している。
日本は青色で区別され、Group AのH53(2例)とH52(1例)、 Group CのH51 (1例)とH32(1例)が日本の患者だ。 論文の詳細なデータによれば、

    ●Group AのH53とH52:東京(計3例)
    ●Group CのH51(1例):京都
          H32(1例):愛知

となっている。何しろ全世界で93例しかサンプルが取れてないので、まだ研究段階であり、作者自身「どうか皆さん、サンプルを提供して下さい」と論文の中で呼び掛けている。

私たちの関心事は、日本の患者がどこから来た、どのような種類のウイルスで発病したのかを突き止めることだが、先に結論を言えば、Group Aは(武漢滞在歴がある)深セン経由のウイルスなので、先ずは広東省を日本は入国禁止地区に入れなければならなかったことが分かる。
Group Cは湖北省武漢市の海鮮市場由来のウイルスなので、湖北省を入国規制区域にしたのは正しいが、しかし 「H51」 は、 「広東省」で突然変異した亜種 なので、やはり広東省を入国禁止地区に指定していなければならなかったことが分かる。
愛知県「H32」武漢の海鮮市場由来 のものである。

5.3 グループ別のウイルスの起源と感染経路

では、グループ別にウイルスの起源と感染経路を見てみよう。

5.3.1 Group A

 「H13」を中心として広がったウイルスで、これは深セン(広東省、緑色)においてのみ発見された種類だ。深センで家族感染したが、東京と行き来していたらしく、広東省由来の東京の患者が3人もいる(2月12日時点で)。
 「H13」はどのようにして生まれたかというと、コウモリから発見されたウイルス「bat-RaTG13」が、何やら確定できない動物を介して「mv1」ウイルスとなった。ここは明確には辿られてないので、細い線で結ばれている。もっと薄い線で結ばれているのが「mv1」と「H13」だ。目を凝らして、可能なら画面を拡大して確認して頂くと見える。おそらくだが、ベトナムから密輸して食べるか、あるいは鱗を漢方薬に使う野生動物(センザンコウ)が中間宿主になっているのではないかとされている(華南農業大学の研究者もコメント)。「H13」はこの「mv1」が進化(変異)したものと考えられている。

5.3.2 Group B

 中心は「H3」。これは武漢でのみ1例発見されている。しかし海鮮市場に行った事はないという。
「H3」は、4つの4分の1の大きさの円から成り立っており、その小さな4色の円の右上(座標軸の第一象限)に注目するとHubei(湖北)の赤色だ。武漢市は湖北省の省都なので、赤になっているが、これは「1点」で、武漢のみである。その斜め右上の方向に線があり、濃いピンクの少し大きな丸がある。これはアメリカのワシントンである。「H38」というウイルスが、ワシントンでのみ発見されている。
 ところが「H13」(深セン)も「H38」(ワシントン)も、武漢に滞在した経験があるという。となると、やはり武漢に関係していることになる。
 一方、残りの3つの「4分の1の大きさの円」は、「台湾、オーストラリア、ベルギー」なので、逆に、「H3」型ウイルスは、武漢では流行っていなかったことにもなる。

5.3.3 Group C

これこそが爆発的に伝染していった感染源だ。 図の下半分にある赤い色などを中心とした円の真ん中に「H1」と書いてある。少々不鮮明だが、「H1」は「武漢市華南海鮮市場」で見つかったウイルスだ。大規模感染を起こし、世界中に広がっていった。「H1」が形成された変異経路には大きく分けて以下の二つの可能性が大きい。
    ●bat-RaTG13→H13→H3→H1
    ●bat-RaTG13→H38→H3→H1
だ。ここからが怖い。
「H1」はGroup Cに所属するが、ここから進化してGroup DやGroup Eなどの、言うならば「亜種」に変異している。

5.4 変異は飛行機で浴びる放射線が主原因か

論文は変異したウイルス保持者の足跡を調べることによって、変異の多くは飛行機に乗ったことにより上空の放射線を浴び、それによってゲノム配列が異なってしまった可能性が高いと分析している。
ウイルスは二重螺旋型の遺伝子配列であるDNAではなく、一重螺旋型のRNAなので、変異をそのままコピーし易い性質を持っているという。
それも変異は最終的には毒性が弱くなり、宿主となる人間が死なない方向に動いて長く人間と共存していく方向(人間界に定着する方向)に変異してウイルス自身がいつまでも生き延びるようになる傾向にあるだろうが、しかし「H3」から「H1」のように、爆発的に強力化する場合も途中ではあり得る。多くの人間(宿主)が死んでも、それを遥かに上回る数の人間に宿って(感染させて)、そこで生き延びていくという方法だ。これが武漢の大規模感染である。その意味では武漢の海鮮市場の野生動物という宿主は、やはり強力だったということが言える。
特にGroupEは途中で特定されてない(野生動物?)「mv2」に宿って変異している。

「H3」がセンザンコウと推定されている野生動物「mv1」に宿って、ワシントンを経由した上で形成され、強毒化した「H1」に変異したのと同じように、Group Eはまだ弱毒化する前の段階で変異しているのかもしれない。
それが広東省やアメリカで見つかっている。だとすればアメリカでの死者が増える可能性も否定できない。 論文ではそこまで追いかけきれてないので、これはあくまでも推測に過ぎない。何しろまだサンプル数が少ないので、現段階では論文もそこまでは分析しきれていない。
この経路マップを見ていると、イタリアの場合を研究したくなってしまう。研究対象にまだイタリアが入ってないが、中には Group DやGroup Eなどから派生しているケース もあるだろう。

イタリアで感染が拡大している原因として「一帯一路」協力を締結したことによる中国人観光客の増加や医療従事者の知識不足による初動の失敗などが挙げられているが、ひょっとしたら飛行機搭乗と関係しているかもしれない。
というのも、イタリアは中国からの入国の直行便を禁止したため、ルートが分からなくなってしまうほど乗り換えて中国からイタリアに入国したケースが多かったという話も聞いている。全くの素人の推測ではあるが、もしかしたら飛行機に乗る回数が多くなったために放射線を浴びてウイルスの変異をもたらした可能性も否定できないのではないかと、ふと思ってしまう。痕跡から辿れるならデータ分析をしてみたいという知的好奇心が湧き出て来る。
日本政府の新型コロナウイルス肺炎対策本部や専門家会議から、この種の分析結果や提言を聞いたことがないように思うが(筆者が知らないだけなのかもしれないが)、もしまだ手を付けてないのなら、ウイルス領域の日本の研究者には、ぜひ挑戦して研究し、日本政府に提言してほしいと望む。

遠藤誉
中国問題グローバル研究所所長、筑波大学名誉教授、理学博士
1941年中国生まれ。中国革命戦を経験し1953年に日本帰国。中国問題グローバル研究所所長。筑波大学名誉教授、理学博士。
中国社会科学院社会学研究所客員研究員・教授などを歴任。
著書に『激突!遠藤vs田原 日中と習近平国賓』(遠藤誉・田原総一朗)、『米中貿易戦争の裏側 東アジアの地殻変動を読み解く』,『「中国製造2025」の衝撃 習近平はいま何を目論んでいるのか』、『毛沢東 日本軍と共謀した男』、『卡子(チャーズ) 中国建国の残火』、『ネット大国中国 言論をめぐる攻防』、『中国動漫新人類 日本のアニメと漫画が中国を動かす』『中国がシリコンバレーとつながるとき』など多数。

引用:新型コロナ日本感染ルーツとウイルスの種類:中国のゲノム分析から

6 参考情報3

新型コロナウィルス(SARS-CoV-2)には2つのタイプ (L タイプ、S タイプ) があることが研究により明らかになったと発表された。
その論文(「On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2 (03 March 2020) 」)は、 Oxford University PressNational Science Review に投稿された。
以下にそのアブストラクトのみ掲載する。

ABSTRACT
The SARS-CoV-2 epidemic started in late December 2019 in Wuhan, China,
and has since impacted a large portion of China and raised major global concern. Herein, we investigated the extent of molecular divergence between SARS-CoV-2 and other related coronaviruses.
Although we found only 4% variability in genomic nucleotides between SARS-CoV-2 and a bat SARS-related coronavirus (SARSr-CoV; RaTG13), the difference at neutral sites was 17%, suggesting the divergence between the two viruses is much larger than previously estimated.

Our results suggest that the development of new variations in functional sites in the receptor-binding domain (RBD) of the spike seen in SARS-CoV-2 and viruses from pangolin SARSr-CoVs are likely caused by mutations and natural selection besides recombination.

Population genetic analyses of 103 SARS-CoV-2 genomes indicated that these viruses evolved into two major types (designated L and S),
that are well defined by two different SNPs that show nearly complete linkage across the viral strains sequenced to date. Although the L type (∼70%) is more prevalent than the S type (∼30%),
The S type was found to be the ancestral version. Whereas the L type was more prevalent in the early stages of the outbreak in Wuhan,
the frequency of the L type decreased after early January 2020.

Human intervention may have placed more severe selective pressure on the L type, which might be more aggressive and spread more quickly.
On the other hand, the S type, which is evolutionarily older and less aggressive, might have increased in relative frequency due to relatively weaker selective pressure.
These findings strongly support an urgent need for further immediate, comprehensive studies that combine genomic data, epidemiological data,
and chart records of the clinical symptoms of patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19).

SARS-CoV-2, virus, molecular evolution, population genetics
Issue Section: Research article

Google翻訳

概要
SARS-CoV-2の流行は2019年12月下旬に中国の武漢で始まり、それ以来中国の大部分に影響を与え、世界的に大きな懸念を引き起こしています。
ここでは、SARS-CoV-2と他の関連コロナウイルスとの間の分子の相違の程度を調査しました。
SARS-CoV-2とコウモリSARS関連コロナウイルス(SARSr-CoV; RaTG13)の間のゲノムヌクレオチドのばらつきは4%しか見つかりませんでしたが、中性部位の違いは17%であり、2つのウイルスの相違ははるかに大きいことを示唆しています.
以前の推定より。我々の結果は、SARS-CoV-2およびパンゴリンSARSr-CoVのウイルスに見られるスパイクの受容体結合ドメイン(RBD)の機能部位の新しい変化の発生は、組換え以外の突然変異と自然selectionによって引き起こされる可能性が高いことを示唆しています。

103個のSARS-CoV-2ゲノムの集団遺伝分析により、 これらのウイルスは2つの主要なタイプ(LおよびSと呼ばれる)に進化 し、現在までにシーケンスされたウイルス株全体でほぼ完全な連鎖を示す2つの異なるSNPによって明確に定義されることが示されました。
Lタイプ(約70%)Sタイプ(約30%)*よりも *一般的 ですが、 Sタイプ先祖バージョン であることがわかりました。
L型は武漢の発生の初期段階でより一般的でしたが、 L型の頻度は2020年1月初旬以降に減少 しました。より迅速に。

一方、進化的に古く攻撃性の低いSタイプは、選択圧が比較的弱いため、相対頻度が増加した可能性があります。
これらの発見は、ゲノムデータ、疫学的データ、およびコロナウイルス病2019(COVID-19)の患者の臨床症状のチャート記録を組み合わせたさらなる即時の包括的な研究の緊急の必要性を強く支持します。

7 特徴

  • 呼吸器症状が多い
  • 多くの場合は軽症であるが持病がある場合には重症化することがある
  • 初期症状は風邪との区別が付き難い
  • 発症した場合、発熱や咳が主な症状である
  • 下痢、嘔吐などの消化器症状の発生頻度は低い
  • 重症化するケースの場合の多くは咳や発熱の発症から7日後くらいから悪化するケースが多い
  • 高齢かつ疾患がある場合には発症リスクが高い
  • がん患者もリスクが高い

8 関連情報

9 参考文献

10 ホームページについて

このホームページは、うつ病の精神治療法を研究するための私自身のためのサイトです。私自身が覚えることが苦手、且つ、忘れっぽい性分なので備忘録として主に以下の内容のものを扱っています。どこにいてもこのホームページを閲覧することができるようにという目的でこのホームページを作りました。
 
 
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脚注:

1
パンデミック(英語: pandemic)あるいは世界流行とは、ある感染症(特に伝染病)が、顕著な感染や死亡被害が著しい事態を想定した世界的な感染の流行を表す用語である

著者: Satoshi Takemoto

Created: 2020-03-25 Wed 17:00

Emacs 26.3 (Org mode 9.1.9)

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